凍干是水分的升華，烘干是水分的蒸發。凍干是固態直接變為氣態，烘干是液態變為氣態。凍干過程因為在低溫、低壓狀態下，樣品的物理結構基本不受影響，不會因為細胞壁內外存在的濕度梯度而發生滲透導致表面毛孔收縮或者內部失水發生干癟。

     烘干對樣品的作用是溫度由外向內，濕度由內向外(相反)，溫度過高會引起內部水分汽化過快，來不及通過毛細管道排出而發生膨脹，引起細胞破裂。

     通俗的講，就是凍干在低溫狀態下進行，不會破壞樣品的分子結構和形態，而烘干由于高溫，會破壞樣品分子結構和特性。